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基因組denovo測序
 產品簡介
       近年來,高通量測序技術的迅猛發展,極大地推動了全基因組測序工作的展開,全球已有幾百種的植物和動物完成了全基因組測序工作。通過全基因組測序,人們可以獲得物種的全基因組序列圖譜,從而為該物種后續的研究和產業化應用奠定基礎。隨著高通量測序技術的發展,成本的降低,動植物基因組組裝不再是大牛的專利,假如您致力于該物種的深入研究,denovo測序組裝它的基因組必然會推動您的研究進程。


技術流程



樣品要求
          1)  樣品類型:DNA;
          2)  樣品濃度:≥50 ng/ul(Qubit定量);
          3)  樣品總量:>60ug(Qubit定量);
          4)  樣品純度: OD 260/280介于1.7 ~ 2.2;OD260/230≥0.5;260吸收峰正常不偏移;無蛋白質、RNA污染或肉眼可見雜質污染;
          5)  若提供組織樣品,則植物樣本需為無菌黃化苗、組培樣品或嫩葉。
注:需從同一個體取樣,預防由于個體差異對后續拼接造成的影響,調研圖和精細圖也需要從同一個體取樣;如無選取同一個體的條件,須再溝通決定取樣方式。



案例解析
         花生是全世界范圍內重要的油料作物,現在栽培的花生是兩個野生花生物種(Arachis duranensis和Arachis ipaensis)的直接自然雜種,所以現在栽培的花生(Arachis hypogaea L.)是四倍體作物(AABB),為了繪制花生的基因組圖譜,研究人員測定了兩個原始親本的基因組,兩個野生種的基因組大小分別是1.2Gb和1.5Gb,根據這些序列,研究人員獲得的兩個二倍體野生種的序列覆蓋了花生基因組的96%的基因,為快速選育抗旱和抗病蟲害、低投入和高產出的花生品種,提供了所必需的分子圖譜。




                                                              圖 1.A. duranensis 和 A. ipaensis 的染色體共線性關系


參考文獻://www.nature.com/ng/journal/v48/n4/full/ng.3517.html
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