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簡化甲基化測序
產品簡介

        CpG二連核苷常常以成簇串聯形式排列,這種富含CpG二連核苷的區域稱為CpG島(CpG islands),其大小為500-1000bp,據研究人類約56%的編碼基因上游調控區域含該結構。RRBS(Reduced Representation Bisulfite Sequencing)簡化甲基化利用MspI酶富集CG區域酶切片段,從而達到簡化甲基化測序目的,來研究甲基化對基因的調控作用,RRBS作為一種高性價比的甲基化研究方法,在大規模臨床樣本的研究中具有廣泛的應用前景。



技術流程


樣品要求

1)樣品類型:無降解且無RNA污染的DNA樣品;
 
2)樣品需求量:≥5 μg;單次最低建庫起始量可降至200 ng;
 
3)樣品濃度:≥50 ng/μl;
 
4)適用物種:人和鼠;
 
5)樣品純度:OD260/280=1.8~2.0。

案例解析

案例一:甲基化調控黃蜂育性[1]

      很多動植物根據溫度、光照時長來調節自己的生物鐘,以適應環境的變化;這種調節的是怎樣實現,以及對光照長短反映的分子機理大多還是未知的;黃蜂對光照有很強的感知能力,秋天的短日照促使黃蜂絕育,以度過寒冷的冬天;為研究黃蜂是如何根據光照的長度來調節自己育性的;本研究中利用RRBS方法探索長短日照黃蜂甲基化水平的變化,對成年雌性黃蜂分別做長日照和短日照處理,分別進行RRBS甲基化測序,發現兩個基因heix、msn在不同處理組甲基化水平存在明顯差異;最后用RNAi的方法沉默甲基化相關的甲基轉移酶(Dnmt1a, Dnmt3),黃蜂育性不受日照長度的影響;從而揭示了DNA甲基化在調節生物機能中的重要作用。

參考文獻
[1]Pegoraro M, Bafna A, Davies NJ, Shuker DM, Tauber E. DNA methylation changes induced by long and short photoperiods in Nasonia. Genome Research. 2016;26(2):203-210. doi:10.1101/gr.196204.115.
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