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全長轉錄組測序分析

為什么全長轉錄組?Full-Length cDNA sequencing 

           通過全長轉錄組測序無需拼裝的全長轉錄本分析。由于測序平均讀長可達到10-15Kb,因而可以輕松跨越從5’末端到3’-Poly A tail的完整轉錄本,從而準確鑒定異構體,并對可變剪接、融合基因、等位基因表達等進行精確分析,即使是已經研究十分深入的物種(如人類)也能夠發現新功能基因或新的異構體。

測序建庫怎樣選擇?

        一般情況下,選擇構建1-2kb,2-3kb,>3kb三個文庫,每個文庫測1-2個SMRT cell

技術路線

文獻分享:


Minoche A E, Dohm J C, Schneider J, et al. Exploiting single-molecule transcript sequencing for eukaryotic gene prediction[J]. Genome biology, 2015, 16(1): 1-13.
簡介
       
       通過PacBio RS平臺對甜菜(Beta vulgaris)進行轉錄組測序,獲得全長轉錄本。98%的full-insert SMRT reads包含完整的開放閱讀框(ORF);將測序結果同二代測序結果進行比較,靈敏度和準確度有大幅提高,也為完善甜菜的基因組提供參考依據。

樣本選擇
       
         對一例甜菜樣本構建1-2kb,2-3kb,>3kb三個文庫,每個文庫測兩個SMRT cell。

分析結果

圖1 識別的全長轉錄本


圖2 轉錄本長度分布

圖3 識別基因結構


圖4 數據分析思路

 

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